主要是通过恶化鼠类的生存条件，降低环境对鼠类的容纳量来实现。其中减少鼠的栖息场所、繁殖场所、饮水场所、断绝食物来源为重要。生态学灭鼠是综合鼠害防治中很重要的一环。此法必须与其他方法配合，才可奏效。
通过改良环境，包括防鼠建筑、断绝鼠粮、农田改造、搞好室内外环境卫生、清除鼠类隐蔽处所等，也就是控制、改造、破坏有利于鼠类生存的生活环境和条件，使鼠类不能在那些地方生存和繁衍。
环境灭鼠：老鼠需要水、食物以及隐蔽的栖息条件，才能生存和繁殖。因此，创造一个不适宜其生存的环境，就能使一个地方的鼠量大大下降，并能使灭鼠成果容易得到巩固。所以我们首先要搞好环境卫生、清除住宅周围的杂草、随意堆放的物品，经常清扫室内外卫生，各种用具杂物收拾整齐，衣箱、衣柜以及书籍、鞋帽等要经常检查，不使鼠类营巢。
断绝老鼠的食物：鼠的食物不仅包括人的食物，还包括饲料、垃圾、食品行业的下脚料、粪便等，这些东西要存放在加盖的而且没有缝隙的容器内，使老鼠得不到食物而被动地去吃投放的毒饵，以达到消灭老鼠的目的。